Der tägliche Zufluss wird mit 150 Litern pro Tag und Bewohner angenommen, der stündliche Zufluss beträgt 1/10 des täglichen Zulaufs. Kleinkläranlagen bestehen in der Regel aus einer Vorklärung, einer vollbiologischen Stufe und einer Nachklärung. Das Abwasser gelangt zunächst in die Vorklärung, in der sich Grobstoffe wie Papierabfälle, feuchtes Toilettenpapier und Fäkalien am Boden des Beckens absetzen. In der biologischen Stufe einer Kleinkläranlage wird das Abwasser dann durch Mikroorganismen gereinigt. In der Nachklärstufe wird das biologisch gereinigte Abwasser gesammelt und entweder in Oberflächengewässer (auch Vorfluter genannt) eingeleitet oder im Untergrund versickert. Alle genehmigten Systeme erfüllen auch die gesetzlichen Mindestanforderungen an die Ablaufqualität (Klasse C). Aus Gründen des Gewässerschutzes können weitere Anforderungen an die Abflussqualität (Klasse N, D, + H, + P) gestellt werden, die nicht von allen Kleinkläranlagen erfüllt werden können. Die Zusammensetzung und Menge des Abwassers stehen in direktem Zusammenhang mit der Anzahl der Einwohner und deren Gewohnheiten. Bei gewerblichen Betrieben hängt dies von der Anzahl der Beschäftigten und der Art des gewerblichen Abwassers ab.
Für die Einleitung von gereinigtem Abwasser aus einer Kleinkläranlage in ein Gewässer muss der Kunde in der Regel über eine wasserrechtliche Genehmigung oder über eine Einleitgenehmigung des Kanalnetzbetreibers verfügen, wenn der Überlauf an einen Abwasserkanal angeschlossen ist. Die dezentral zu entsorgenden Flächen werden nach dem Konzept der Abwasserentsorgung von den Gemeinden bzw. jeweiligen Landkreisen festgelegt. Die Eigentümer können aus mehreren genehmigten Abwasserbehandlungsanlagen wählen. Zugelassene Anlagen verfügen über eine für den Einsatz als Kleinkläranlage gültige "Allgemeine bauaufsichtliche Zulassung" oder eine "Bauaufsichtliche Zulassung für Kleinkläranlagen nach DIN EN 12566-3 mit CE-Kennzeichnung" des Deutschen Instituts für Bautechnik (DIBt).
Zudem muss sichergestellt sein, dass das gewählte System in der Lage ist, mit besonderen Bedingungen zurechtzukommen. Es ist zu erwarten, dass sowohl die von der Kläranlage eingeleitete Wassermenge als auch die Schmutzkonzentration stark variieren können. Daher ist eine Kleinkläranlage nach dem SBR-System in der Regel die richtige Wahl, da aufgrund der Überlastbarkeit des Bioreaktors keine Nachteile im Anlagenbetrieb und in der Reinigungsleistung zu erwarten sind. Stellt sich während des Anlagenbetriebs heraus, dass die Belüftungskapazität nicht ausreicht, kann dieses Defizit unkompliziert durch den Ersatz einer leistungsstärkeren Belüftungseinheit, zum Beispiel einem Membranbelüfter oder einem größeren Verdichter ausgeglichen werden. Die Größe des Systems und das daraus resultierende notwendige Zubehör sollte von einem Experten bestimmt werden.
Soll das gereinigte Abwasser zur Gartenbewässerung verwendet oder in Zierelemente eingeleitet werden, sollte mindestens die Abwasserklasse “D” und eine mögliche Keimreduzierung durch die Abwasserklasse "H" angestrebt werden.
Sehr häufig werden in Deutschland Kleinkläranlagen nach dem SBR-Verfahren eingesetzt, da diese über eine starke Reinigungsleistung, besondere Sicherheit und Effizienz und hohe Zuverlässigkeit verfügen. Zudem sind die Kleinkläranlagen einfach einzubauen und absolut wartungsfreundlich.